במחלקה לטיפול מיוחד ביילוד, מתרכזים אנשי הצוות בתינוקות קטנים, הזקוקים ליותר השגחה בטיפול, במעקב וגם בפינוק.
המחלקה לנוירולוגית ילדים נמנית על חטיבת הילדים של "אסף הרופא". המחלקה היא מחלקת האשפוז היחידה בישראל, ובין הבודדות בעולם בתחומה, לטיפול ממוקד בנוירולוגית ילדים.
במחלקה 15 מיטות אשפוז ומרפאה. המחלקה מטפלת במחלות המצריכות טיפול ניתוחי מתוך בית החולים ומהווה מרכז להפניה לטיפולים מבתי חולים אחרים.
מחלקת יילודים (יונקים) היא מהמחלקות הוותיקות והגדולות בארץ, ומצטיינת בטיפול ובהשגחה ביילוד הבריא, מרגע הלידה ועד לשחרורו לבית הוריו. המחלקה מטפלת ומשגיחה על היילוד הבריא, הנולד מהשבוע ה-35 ואילך ובמשקל מעל ל- 2 ק"ג.
מחלקת הילדים היא לב חטיבת הילדים ובה מאושפזים ילדים מגיל ימים ספורים ועד גיל 18 שנים הלוקים במצבי חולי שונים, שלא מצליחים להסתדר בקהילה, או צריכים טיפול הניתן רק במסגרת אשפוז.
מחלקת אורתופדיה ילדים מוכרת היטב בארץ ובחו"ל, בזכות התמחותה באורתופדיה שיקומית. מטופלים בה ילדים הסובלים מנכויות שונות, הנגרמות מתאונות, מומים מולדים, מחלות ובמיוחד ילדים עם שיתוק מוחין.