החטיבה הכירורגית מורכבת ממחלקות א', ב', אף אוזן גרון, כירורגיה פלסטית, חזה וכלי דם; היחידות לאנדו-אורולוגיה, פה ולסת, ניתוחם אסתטיים, תיעוד ואבחון וקרניו- פציאליה, וכן ממרפאות שונות.
במרכז הרפואי "אסף הרופא", מלמדים רופאי המרכז סטודנטים למקצועות הרפואה, סיעוד, פיזיותרפיה ורנטגן, הן בבתי ספר לרפואה שאליהן מסונף המרכז, הן בקמפוס ואף ליד מיטת החולה.
המפגש של החולה ומשפחתו עם ביה"ח עשוי לעיתים לעורר קשיים, להפר את השגרה ואף לערער את התפקוד הפיזי הרגשי וההתנהגותי.
פורומים רפואיים
חטיבת ההרדמה וחדרי הניתוח מורכבת ממחלקת התאוששות, יחידת הרדמה מילדותית וממרפאות לגמילה מסמים, הרדמה וכאב.
המערך האמבולטורי, הידוע בשמו כ-"מרפאות החוץ" בבית החולים "אסף הרופא", מציע לקהל הרחב שירותים במגוון עצום של תחומים ושיטות מתקדמים מתחומי הרפואה השונים.
אגף המעבדות מורכב ממעבדות בתחומי הביוכימיה, בנק הדם, מיקרוביולוגיה, גנטיקה, המטולוגיה, פרמקולוגיה, פתולוגיה וציטולוגיה.
המחלקה לכירורגיה פלסטית שייכת לאגף הכירורגי בבית החולים. יש בה 12 מיטות ו- 3 מיטות נוספות, עבור ביצוע ניתוחים פלסטיים בילדים.
מחלקת אף אוזן גרון - כירורגית ראש וצוואר, בבית החולים "אסף הרופא", הינה מחלקה עצמאית המטפלת במגוון מחלות הנוגעות לאף, אוזן, גרון, צוואר וראש. תחת חסות המחלקה, פועלים: מרפאת אף אוזן גרון, מרפאת סחרחורת, מכון אודיולוגי – שמיעה ומכון יציבה.
כנס נשים הרות בראשון לציון אשר כולל הרצאות, יריד מצגות, כיבוד קל, והגרלת פרסים.